Žrijeb za treće kolo kvalifikacija za Evropa ligu nije bio naklonjen crnogorskim predstavnicima.
Ukoliko izbori plasman u narednu runud, Budućnost će za protvnika imati bolji tim iz dvomeča u kom se sastaju Brondbi i Vaduc, dok bi fudbaleri Mogrena igrali sa pobjednikom dvomeča između Bese i Olimpijakosa.
Budućnost je u prvom meču drugog kola poražena na gostovanju Bakiju rezulatatom 2:1, dok je Mogren poražen u Tel Avivu od domaćeg Makacija sa 2:0.
Prvi mečevi trećeg kola kvalifkacija igraju se 29 jula, dok su revanš mečevi zakazani za 5. avgust.
Parovi trećeg kola kvailifikacija:
| Odenze (DEN) | Zrinjski/Tre pene |
| Stabek/Dnjepar | WIT Gruzija/Banjik |
| Liverpul (ENG) | Rabotnički/Mika |
| Maritimo/Sporting Fingal | Honka/Bangor siti |
| Beroe (BUL) | Suduva/Rapid Beč |
| Temišvar (ROM) | Mipa/Santa Hulija |
| CSKA Sofija (BUL) | Kliftonvil/Cibalija |
| KR/Karpati | Zestafoni/Dukla |
| Šamrok rovers/Bnei Jehuda | Juventus (ITA) |
| Elfsborg/ISkra | Ventspils/Teteks |
| Nordsjeland (DEN) | Sporting (POR) |
| Videoton/Maribor | Hibernians (SCO) |
| Crvena zvezda (SRB) | Slovan Bratislava (SVK) |
| Inter Turku (FIN) | Genk (BEL) |
| Valeta/Ruh | Austrija Beč/Široki Brijeg |
| Plzen (CZE) | Bešiktaš/Vikingur |
| Besa/Olimpijakos | Makabi Tel Aviv/Mogren |
| Šiuliali/Visla Krakov | Portadaun/Karabag |
| Šturm (AUT) | Gefle/Dinamo Tbilisi |
| Anartozis/Šibenik | Serkl Briž/TPS |
| Baki/Budućnost | Brondbi/Vaduc |
| Molde/Jelgava | Štuutgart (GER) |
| Makabi Haifa (ISR) | Dinamo Minsk/Silame |
| Utreht/Tirana | Lucern (SUI) |
| Sibir (RUS) | Apolon (CYP) |
| Gorica/Randers | Lozana/Borac |
| Olimpija Balti/Dinamo Bukurešt | hajduk Split (CRO) |
| AZ Alkmar (NED) | Geteborg (SWE) |
| Diferdanže/Spartak Zlatibor | Dnjepar (UKR) |
| Atraj/Đer | Monpelje (FRA) |
| Alesund (NOR) | Madervil/Brejdablik |
| kalmar/Dačija | Levski/Dundalk |
| Galatasaraj (TUR) | OFK Beograd/Žodino |
| Jagelonij (POL) | Aris (GRE) |
| Tauras/APOEL | Jablonec (CZE) |
